Algunas empresas de diseño web invierten muchísimo tiempo en crear plantillas para venderlas a través de repositorios como ThemeForest, o para ofrecerlas en su propia página web.
La mayoría de estos incluyen funcionalidades que sólo pueden utilizarse con su plantilla, de modo que si quieres cambiar de Theme tendrás que asumir la pérdida lo que hayan generado esas funcionalidades.
Por esta razón, la mejor opción es investigar en el mercado de plantillas aquellas que nos permitan añadir las funcionalidades (plugins) como extensiones. De esta manera, si cambiamos de plantilla en el futuro, esas extensiones se añadirán a la nueva que hayamos instalado.
Tengo un artículo más extenso en el que menciono las claves para elegir un theme para wordpress. Puedes verlo aquí.